Корень толстый, мясистый, суховатый, старые — плотные, деревянистые.
Стебель прямой, ветвистый, высотой 50—150 см.
Прикорневые листья очень крупные, продолговатые или продолговато-овальные, городчатые, при основании сердцевидные; нижние — перисто-раздельные; продолговато-ланцетные; верхние — линейные, цельнокрайные.
Чашечка длиной около 3 мм; лепестки длиной около 6 мм, белые, коротко-ноготковые.
Плоды — стручочки, продолговато-овальные, вздутые, длиной 5—6 мм; створки сетчато-жилковатые, гнёзда с 4 семенами.
Химический состав
Все части растения содержат эфирное масло, имеющее резкий специфический запах и вкус. Жгучий запах и вкус корней обусловлены наличием горчичного масла ( C 10 H 11 {displaystyle {ce {C10H11}}}) и синигрина[1][4].
Свежий сок корня содержит фермент лизоцим, обладающее антимикробной активностью, тиамин, рибофлавин, каротин, жирное масло, крахмал, углеводы (74 %), смолистые вещества.
Листья содержат 240—350 мг %, а корни 120—250 мг % аскорбиновой кислоты[1].
В листьях обнаружены каротин, алкалоиды; в семенах — жирное масло и алкалоиды.
В корнях хрена много минеральных солей (калия, кальция, магния, железа, меди, фосфора, серы и др.). Выход эфирного масла из корней после ферментации 0,05 %, его главной составной частью является аллилгорчичное масло. Кроме того, эфирное масло содержит фенилэтил- и фенилпропилгорчичное масла. В растении содержится также пероксидаза хрена — фермент, широко используемый в молекулярной биологии. В частности, этот фермент используется в иммуноферментном анализе для визуализации реакции, ассоциированной со взаимодействием антиген-антитело (окисление дианизидинового красителя с переводом в окрашенную форму), а также в некоторых методиках определения специфичных белков в образце с использованием люминесценции.